深圳员工离职应当及时停止社保缴纳，以下是具体操作方法：

员工需要准备好个人身份证、离职证明和社保卡等相关材料；

员工可以到社保经办机构办理停缴手续，填写停缴申请表并提交相关资料；

接着，社保经办机构会受理员工的停缴申请，核对资料并办理停缴手续；

员工可以在申请办理成功后查看个人社保账户，确认社保缴纳已停止。

需要注意的是，员工在离职后应当及时办理停缴手续，避免因漏缴社保费用而影响个人权益。